Le fonctionnement des établissements et services est financé par l’ARS Auvergne-Rhône-Alpes et les Conseils Départementaux de la Haute-Savoie et de l’Isère, ainsi que par la participation des bénéficiaires.
L’ARS ARA intervient pour l'accompagnement aux soins, l'éducation et la scolarité des moins de 20 ans. Elle finance également les soins dispensés dans les établissements d’accueil médicalisé pour adultes et participe au financement de l’ESAT (budget et aide aux postes).
Les Conseils Départementaux prennent en charge le financement de l'hébergement et l'accompagnement de la dépendance des adultes. Selon l’origine géographique des bénéficiaires, d’autres départements sont interpellés.
